Valikud transkriptsiooni strateegiad

Accessory helicases To ensure that replication progresses without disruption, cells possess a variety of factors that clear the path for the replication fork. Seejärel rakendame seda valikukvaliteedi skaneerimiseks kahes erineva nahavärviga kana proovis.

Valikud transkriptsiooni strateegiad

Selle teema veelgi keerukamaks muutmiseks ekspresseeritakse sageli ka olulisi geene; võrdlevad genoomilised uuringud näitavad siiski, et valik sõltub geenide olulisusest, sõltumata nende ekspressioonitasemest 31, Lisaks põhjustab replikatsiooni katkemine genoomi ebastabiilsust, põhjustades funktsiooni kaotust või sünonüümseid Valikud transkriptsiooni strateegiad, mis alandavad geeni ekspressiooni.

Kärbitud mRNA-de ja valkude potentsiaalne mõju ei tundu olevat tugev selektiivne piirang, kuna keskmine 1 kb geen replitseerub 1—2 sekundiga, mis on vaid väike osa rakutsüklist.

Isegi kui kärbitud mRNA-d tekivad selle lühikese aja jooksul replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktidest, on rakkudel tõhusad mehhanismid ribosoomide vabastamiseks kõigist kärbitud mRNA-dest ja saadud valgufragmentide lagundamine Seevastu funktsionaalsuse kadumise mutatsioonid mis tahes olulises geenis on kahjulikud ja eemaldatakse selektsiooni teel ning seetõttu on tõenäolisem, et need on peamised tegurid, mis mõjutavad oluliste geenide kaasorienteerumise eelarvamusi. See probleem lahendatakse ainult replikatsiooni-transkriptsiooni suunavuse ja mutageneesi vahelise seose süstemaatilise uurimisega, nagu on tehtud pärmis Hiljuti on kogutud uusi tõendeid selle kohta, et replikatsiooni-transkriptsiooni konflikt põhjustab genoomi ümberkorraldamist konflikti asukohas E.

Kokkuvõtlikult võib öelda, et kaasorienteerumise kallutatuse säilitamine viitab kindlalt sellele, et peaga seotud konfliktid on kahjulikumad kui kahesuunalised ning eksperimentaalsed andmed on selle mõttega nõus. On kindlaks tehtud mitu tegurit, mis mõjutavad RNAP-ide pikenemist, seiskumist või lõpetamist, et vähendada transkriptsiooni vahendatud replikatsiooni barjääride kogust või stabiilsust.

Geneetilised tõendid näitavad, et transkriptsiooni-parandus-sidumistegur Mfdväikese nukleotiidi guanosiintetrafosfaat ppGpp ja RNAP sekundaarse kanaliga interakteeruvad valgud DksA DnaK supressorGreA ja GreB on seotud replikatsiooni ja transkriptsiooni Valikud peegeldavad kaubandust konfliktide vältimise või lahendamisega.

Statistilisest vaatenurgast on õige katsemenetluse määramine ja erinevate testistatistika ühendamine keeruline.

Hiljuti selgitati välja nende RNAP-modulaatorite üksikasjalikud funktsioonid replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktide ärahoidmisel ja on kindlaks tehtud täiendavad tegurid, osutades uuele mudelile replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktide alustes ja keskkonnamõjudes. RNAP 37 pikenemist võivad blokeerida DNA matriitsi kahjustused, mida võivad tekitada eksogeensed ja endogeensed tegurid näiteks ultraviolettkiirgus ja y-kiirgus ning hingamisel tekitatud reaktiivsed hapniku liigid.

Mfd on vajalik rakkude elujõulisuseks DNA kahjustuse korral ultraviolettkiirgusega in vivo. PpGpp tootmist Valikud transkriptsiooni strateegiad bakterite mitmed stressitingimused ja see käivitab ellujäämise suurendamiseks hulga rakulisi reaktsioone In vitro uuringud on näidanud, et ppGpp võib vähendada RNAP massiivide kogunemist, vähendades transkriptsiooni pikenemise kompleksi 5 stabiilsust.

Hiljutine töö on näidanud, et DksA ja Gre valkudel on ka roll transkriptsiooni vahendatud replikatsioonitõkete eemaldamisel, sõltumata olemasolevast DNA kahjustusest 6 joonis 2b. DksA on transkriptsiooni initsiatsioonifaktor, mis toimib koos ppGpp-iga, et moduleerida vastusena nälgimisele rRNA geenide ja paljude teiste geenide transkriptsiooni. Lisaks hoiab DksA ära transkriptsiooni pikenemise komplekside takerdumise RNAP pausikohtadesse lineaarses faagi DNA-s in vitro 43, mis viitab sellele, et see pole mitte ainult initsiatsioonifaktor, vaid mõjutab ka transkriptsiooni pikenemise komplekse.

Värsked in vivo uuringud näitasid, et DksA-l on otsustav roll replikatsiooni-transkriptsiooni konflikti vähendamisel 6. DksA kustutamine põhjustab DNA-d kahjustavatest ainetest sõltumatult kroonilise DNA kahjustuse vastuse, mis näitab, et replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktid, mis tekivad DksA puudumisel, põhjustavad DNA kahjustusi.

Abstraktne

DksA väldib selliseid konflikte ilmselt transkriptsiooni pikenemise ajal toimides, kuna DksA puudumisel tekkiv replikatsiooniblokk on päästetav protsessioossema RNAP-iga, GreA mis mõjutab transkriptsiooni pikenemise kompleksi üleekspresseerimisega ja näilise eraldatuse üleekspresseerimisega - funktsiooni DksA variant, mis säilitab oma transkriptsiooni pikenemise aktiivsuse, kuid on oluliselt vähendanud transkriptsiooni initsieerimise aktiivsust 6, Aminohappeline nälg suurendab dramaatiliselt replikatsiooni-transkriptsiooni konflikte dksA mutantides, peatades täielikult replikatsioonikahvlid 6.

Üks hüpotees selle tähelepaneku selgitamiseks on see, et DksA hoiab ära tagasiulatuvate RNAP-komplekside moodustumise, mis toimivad replikatsioonibarjääridena. Isegi konflikti puudumisel võivad RNAP-id iseeneslikult või regulatiivsetes pausikohtades seista ning seiskumisel võivad nad läbida tagasitõmbe, et tõrjuda ärakirja 3 'ots aktiivsest kohast, moodustades stabiilsed kompleksid 45, 46, Seda tagasisõitu takistab tavaliselt transkriptsiooni ja translatsiooni sidumine, kuid aminohapete nälgimine põhjustab translatsioonilise ummistuse, mis võib sideme 10 kaotada.

Seega loob näljaolu tingimustes dksA-i mutantides tagasiulatuv RNAP tõenäoliselt replikatsiooni barjääri, põhjustades replikatsiooni kahvli varitsemist ja DNA kahjustusi.

Valikud transkriptsiooni strateegiad

DksA nõue tavaliste keskkonnamõjude ajal näiteks Valikud transkriptsiooni strateegiad piiratuse ajal näitab, et replikatsiooni ja transkriptsiooni vaheline sisemine konflikt on palju laiem, kui seni arvati. GreA ja GreB väldivad ka replikatsioonide ja transkriptsioonide konflikte. Gre-valgud on transkriptsiooni lõhestavad tegurid, mis võivad sisestada RNAP sekundaarsesse kanalisse ja stimuleerida polümeraasi 48, 42, 49 sisemist lõhustamisaktiivsust, ning on olulised seiskunud transkriptsioonikomplekside 50, 51 taaselustamiseks.

In vitro soodustab GreB peatatud transkriptsiooni pikenemiskomplekside nihutamist, kui neid kogevad pea-replisoomid In vivo kompenseerib GreA üleekspressioon DksA kaotuse replikatsiooni pikenemise soodustamisel aminohappe nälga 6 ajal. On näidatud, et gre-valgud takistavad genoomi terviklikkuse kaotust, mille võib põhjustada RNAP-i tagasitõmbamine plasmiidile, eriti translatsioonilise blokeerimise ajal See uuring näitab, et RNAP sekundaarse kanaliga suheldes eemaldavad need tegurid tagasitõmbunud RNAP-kompleksid, et tühjendada malli replikatsioonikahvlid.

Lõpuks näib, et see konfliktide ennetamise strateegia on konserveeritud teiste bakteritega. CarD kodeeritud lookusega Rvc on hiljuti tuvastatud transkriptsioonifaktor, mis kaitseb Mycobacterium tuberculosis rakke DNA kahjustuste eest CarD kompenseerib osaliselt DksA kaotuse E.

RNaas H ja DinG. R-silmuste moodustumine on replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktide peamine põhjus paljudes organismides 17, R-silmused moodustuvad sageli transkriptsiooni ajal ja neid iseloomustas algselt nende võime algatada DNA replikatsioon sõltumatult oriC 54, st. Värsked tõendid toetavad ideed, et transkriptsioonist põhjustatud R-silmused varitsevad replikatsioonikahve E. Mitmed hästi iseloomustatud tegurid, mis eemaldavad R-silmused, vähendavad replikatsiooni-transkriptsiooni konflikte.

RNaasi H1 üleekspressioon leevendab dinG- mutandi kasvudefekti tagurpidi rrn- operonite juuresolekul, toetades hüpoteesi, et R-silmused põhjustavad rrn- operonidel replikatsiooni-transkriptsiooni konflikte ja et RNaas H1 hoiab ära need konfliktid See leid nõustub ka DinG teadaoleva funktsiooniga silmuste 59 kerimisel, osutades InfoSys jagavad valikutehinguid, et DinG võib ära hoida kasvudefekti, mis on põhjustatud rRNA geenide transkriptsioonist replikatsiooniga Valikud transkriptsiooni strateegiad joonis 2c ja mida käsitletakse lähemalt allpool.

RNaasi H1 ületootmine võib pärssida ka replikatsiooni-transkriptsiooni konflikte, mis on põhjustatud GreA kadumisest, vähemalt plasmiidsüsteemis 10, mis näitab, et R-silmused aitavad neid probleeme tõenäoliselt kaasa.

Võimalik, et replikatsiooni-transkriptsiooni konflikte vähendavad ka muud tegurid, mis vähendavad R-silmuse moodustumist.

Seetõttu on oodata, et DNA topoisomeraas I vähendab konflikte transkriptsiooni ja replikatsiooni vahel. Lisaks suruvad teatud mutatsioonid RNAP-i kodeerivates geenides replikatsiooni-transkriptsiooni konflikte, mis on põhjustatud rrn- operoni inversioonist, ja need mutatsioonid nii RNAP-i DNA-ga seondumise stabiilsust vähendavad kui ka R-ahela moodustumist 17, Siiski pole veel selge, kas R-ahel ise on replikatsioonibarjäär või kas RNAP-id, mida aeglustavad või peatavad R-silmused, moodustavad replikatsioonibarjääri.

NusG ja Rho. Transkriptsiooni lõpetamise tegurid mängivad samuti rolli replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktide vähendamisel. Mitteaktiivsete transkriptsiooni pikenemiskomplekside eemaldamine transkriptsiooni lõpetamisega võib takistada nende replikatsiooni häirimist.

Bakterid kasutavad kahte erinevat tüüpi transkriptsiooni terminatsiooni: sisemine terminatsioon, mida vahendab GC-rikas RNA juuksenõela struktuur, millele järgneb U jääkide arv, ja Rho-sõltuv terminatsioon vaadatud viites Rho on homogeenne polümeer, mis translokeerub RNA-l. Selle võime põhjustada transkriptsiooni katkestamist nõuab NusG Funktsiooni kaotuse mutatsioonid NusG ja RNase H1-s on sünteetiliselt surmavad 65, mis näitab, et Rho-sõltuv enneaegne transkriptsiooni lõpetamine hoiab ära R-silmuste moodustumise kromosoomis.

Hiljuti leiti, et Rho, NusG ja veel üks Rho lisafaktor NusA on olulised replikatsiooni häirete ärahoidmiseks transkriptsiooni pikenemiskomplekside abil ja genoomi terviklikkuse säilitamiseks 10, Rho aktiivsuse pärssimisel bitsüklomütsiini kasutamisel on tugev sünteetiline toime funktsioonide kadumise mutatsioonidega nusG, nusA ja DNA parandusgeenides ning neid toimeid saab leevendada destabiliseeriva mutatsiooniga RNAP s.

Need leiud näitavad, et Rho-sõltuv terminatsioon hõlbustab replisoomi progresseerumist, vabastades stabiilsed ja takistavad transkriptsiooni pikenemiskompleksid.

Valikud transkriptsiooni strateegiad

Transkriptsiooni ja tõlke sidumine. Bakterites on transkriptsioon ja translatsioon seotud nii ajas kui ruumis. Äsja sünteesitud ärakirju kasutatakse translatsiooni mallidena, samal ajal kui transkriptsiooni pikenemine toimub endiselt. Struktuuriuuringud näitavad, et transkriptsiooni- ja tõlkemasinad on NusG 67 kaudu füüsiliselt seotud. NusG aminoterminaalne piirkond kontakteerub RNAP-iga ja NusG karboksüterminaalne piirkond võib seonduda ribosoomi-seotud valguga NusE tuntud ka kui 30S ribosoomi valk S10võimaldades NusG-l siduda transkriptsiooni translatsiooniga In vivo kontrollitakse transkriptsiooni pikenemise kiirust translatsiooni kiirusega This suggests that, as mentioned above, the coupling between the two processes in bacteria is important for preventing RNAP backtracking.

Valikud transkriptsiooni strateegiad

The importance of Rho, NusG, the Gre proteins and DksA for maintaining genome integrity highlights the damaging potential of RNAP backtracking and of replication—transcription conflicts that are due to the absence of transcription—translation coupling. Accessory helicases To ensure that replication progresses without disruption, cells possess a variety of factors that clear the path for the replication fork.

One mechanism by which the replisome can successfully translocate across high-traffic, RNAP-coated regions is through the activity of specialized accessory helicases that remove these roadblocks. In addition, accessory helicases are involved in resolving conflicts after they occur.

The first accessory helicase that was shown to move RNAPs out Ariuksuse strateegia mitmekesistamine the path of the replication fork was the Dda helicase of bacteriophage T4 Ref.

It was later shown that a group of helicases carry out similar functions in yeast reviewed in Ref. These studies established that accessory helicases can remove RNAPs which block replication. Inversion of rrn operons such that they are head-on to replication does not substantially affect viability in E. To date, three helicases have been identified in E. Below, we review the functions of UvrD, Rep and PcrA and their potential roles in conflict avoidance. Accessory helicases in E. It has been hypothesized that the accessory helicases of E.

Support for this proposal comes from the fact that, in the absence of DinG, both Rep and UvrD are important for the fitness of cells harbouring inverted rrn loci In addition, Valikud transkriptsiooni strateegiad roles of Rep and UvrD appear to be redundant to some degree, as loss of either helicase is tolerated but the loss of both is lethal 74, This indicates that UvrD and Rep cooperate to help cells deal with replication—transcription conflicts.

UvrD and, to a lesser degree, Rep is also required for the viability of cells in which ectopic Ter sites are inserted and bound by the replication termination protein Tus Rep seems to be the main motor that helps replication to continue through DNA—protein complexes.

Replication fork speed is reduced in cells lacking Rep but not in cells lacking UvrD 73, 78, Rep, but not UvrD, interacts directly with the main replicative helicase, indicating that Rep is associated with the replisome UvrD Valikud transkriptsiooni strateegiad to have an important role in the turnover of recombination intermediates that are formed at stalled replication forks.

DNA replikatsioon Abstraktne DNA replikatsioon ja transkriptsioon kasutavad sama matriitsi ja toimuvad samaaegselt bakterites. Nende kahe protsessi ajalise ja ruumilise eraldamatuse puudumine põhjustab nende konflikti ning selle konfliktiga mitte hakkama saamine võib põhjustada genoomi muutusi ja võimekuse vähenemist.

In vitro studies have shown that UvrD can remove RecA filaments from DNA, and this function has been hypothesized to be important for replication fork reactivation in vivo 75, 78, 81, 82, RecA filaments are postulated to cause the formation of toxic recombination intermediates when replication forks are stalled Valikud transkriptsiooni strateegiad need to be reactivated. These studies together suggest that UvrD helps the replisome get through dense transcription units by Voimalus Trade mang the RecA filaments that form when replication forks are stalled and awaiting reactivation.

In summary, Rep and UvrD seem to have complementary, partly redundant but also partly distinct functions in ensuring that the replisome gets through certain genomic regions. The activities of these accessory helicases contribute to the removal of RNAP and other proteins bound to DNA and the restarting of stalled replication forks. The accessory helicase PcrA. PcrA of B. The lethality caused by pcrA -null mutations is suppressed by a deletion in any of the genes involved in the RecFOR recombination pathway Expression of B.

Furthermore, PcrA can restore the growth of a uvrD -null mutant in which replication is blocked as a result of ectopic insertion of extra Ter sites Expression of pcrA also rescues the lethality of a uvrD rep double mutant, indicating that PcrA might carry out some of the shared functions of UvrD and Rep It is not known whether PcrA moves with the replication fork or whether it has any direct involvement in clearing RNAPs in front of the replication machinery.

Valikud transkriptsiooni strateegiad

PcrA does interact with the B. Conflict resolution Although there are several mechanisms in place that prevent conflicts Valikud transkriptsiooni strateegiad occurring, encounters between the replication and transcription machineries do occur in vivo.

Depending on Valikud transkriptsiooni strateegiad extent of the damage to the template and of the disruption to the replisome, stalled replication forks and the replisome may need to be reactivated. In vitro, the E. However, in vivo the situation is very different Fig. Recent work suggests that replication forks can be disrupted during encounters with RNAP 5, 6, 66 and that replication—transcription conflicts occur at rrn loci 9.

The fate of the replisome components in these conflicts is not yet clear. These findings imply that at least the replicative helicase is either inactivated and then reactivated or released and then reassembled. PriA can recognize both the BTST kauplemise strateegia structures that form at stalled forks and the D-loops that can form if strand invasion by RecA occurs; however, it is not yet clear whether one or both of these structures are present at sites of replication—transcription conflict.

It is possible that RecA is in fact needed for replication fork reactivation through its generation of the PriA substrate. If so, after generation of the PriA substrate, RecA is probably removed by the accessory helicases UvrD and PcrA to prevent unnecessary recombination events. Replication restart proteins for example, primosomal protein N' PriA and the Bacillus subtilis helicase loaders DnaB and DnaD can be recruited to the stalled replication fork and directly reactivate replication without DNA recombination.

Prolonged replication stalling can result in the next round of replication reaching the stalled fork and generating double-stranded ends, which are repaired by homologous recombination. Replication can then be restarted. A replication fork encountering RNAP can undergo replication fork reversal.

Replication can then restart with the help of other auxiliary proteins. Täissuuruses pilt Recent work with E. Sellest tulenevalt kasutasid mõned uuringud valiku allkirjade tuvastamiseks mitmeid meetodeid, et saada kasu meetodite soodsast komplementaarsusest, lootuses statistilise võimekuse parandamisele Staubach et al.

Video: SCP-1461 Maja Worm (Object Class: Euclid) 2021, Mai

Grossman et al. Selle lähenemisviisi nurgakiviks on võime simuleerida andmeid vastavalt kalibreeritud demograafilistele mudelitele, kasutades koalestseeruvat lähenemist. Enamiku loomaliikide puhul on tegelik demograafia suures osas teadmata ja kui see oleks teada, oleks see tõenäoliselt tõenäoliselt sobiv simulatsiooniks, kasutades koalestseeruvat lähenemist. Lisaks küsis Woolliams ja Corbin koalestseeruva teooria üldist kohaldatavust kariloomade genoomikas.

Utsunomiya et al. See ei nõua demograafia edasist või tagurpidi simuleerimist ja seega ka demograafilise ajaloo eeldusi. Randhawa et al. Ülaltoodud kirjeldust silmas pidades pakume välja alternatiivse strateegia, et kombineerida erinevate täiendavate testide tulemusi, mis võtavad arvesse erinevate ühtse statistika kovariansstruktuuri. Kõrvalsaadusena käsitleme erinevate meetodite omadusi, mis põhinevad kõikehõlmaval simulatsioonil, mis muudab erinevate testide tulemuslikkuse aluseks olevaid põhitegureid.

Näitame, et simulatsioonis ületab meie uus meetod enamiku stsenaariumide puhul kõigi üksikute statistiliste näitajate tulemuse ja omab enamikul juhtudel ka suuremat võimsust kui kahel alternatiivsel kombineerimisel.

Seejärel illustreerime uudset kombineerimisstrateegiat inimese ja kana genoomi teadaolevate valiku allkirjade analüüsiga. Allelisageduste spektril põhinevad meetodid Klassikalise neutraalsuse testina võrdleb Tajima D võrdlust paari keskmise erinevuse ja eralduskohtade arvu vahel nukleotiidide polümorfismiandmetes, et tuvastada valiku Valikud transkriptsiooni strateegiad Tajima, Kolm statistikat arvutati mittekattuvate libisevate akende jaoks 50 kb ulatuses kogu simulatsiooniandmete kohta ja hiljem kogu genoom reaalsetes andmetes.

Erinevalt nendest kolmest meetodist ei hinnata komposiit-tõenäosuse suhte CLR statistikat mitte ainult sagedusspektri viltust mitme lookuse vahel, vaid sisaldab ka informatsiooni rekombinatsioonikiiruse kohta, et eristada valikuid teistest demograafilistest sündmustest Nielsen et al. IHS-i absoluutväärtused keskmistati mittekattuvateks libisevateks akendeks 50 kb ulatuses kogu simulatsiooni ja tegelike andmete vahel.

Üldiselt näitab negatiivne XPEHH skoor, et valik toimus võrdluspopulatsioonis, samas kui valik toimus täheldatud populatsioonis. Sellel statistikal on suur jõud tuvastada peaaegu või täielikult fikseeritud haplotüüpidega valiku allkirju ja järgib samuti ligikaudu normaalset normaalset jaotust Sabeti et al.

Rahvastiku diferentseerimisel põhinevad meetodid Me arvutasime Wrighti fikseerimise indeksi F ST Wright, laialt levinud meetodina populatsiooni diferentseerumise testimiseks väärtustega, mis ulatuvad 0-st homogeenne populatsioon kuni 1-ni täielik diferentseerimine. Gianola jt poolt välja pakutud F ST-väärtuste arvutamiseks kasutasime kaheastmelist lähenemisviisi. Järgmise meetodina populatsioonide diferentseerumise hindamiseks kasutati rühma populatsiooni komposiit-tõenäosuse suhet XPCLR Chen et al.

Ja siis XPCLR skoorid keskmistati mittekattuvateks libisevateks akendeks 50 kb ulatuses kogu simulatsiooni ja tegelike andmete vahel. Tuleb märkida, et eespool kirjeldatud XPEHH meetod on ka meetod, mis põhineb populatsiooni diferentseerumisel. Uus Valikud transkriptsiooni strateegiad strateegia CMS-lähenemise esitamisel Grossman et al.

Et olla spetsiifiline, töötati algne CMS välja iga kandidaatriigi valiku tuvastamiseks ja oluline eeldus on, et eeldatakse, et igas lokaliseeritud piirkonnas on täpselt üks valitud SNP.

Hiljem, Grossman et al. Modifitseeritud CMS ei võtnud mingit eelnevat hüpoteesi ja arvutas Bayesi teguri iga testi jaoks otse. Mitme signaali komposiit väljendatakse kui CMS-lähenemise kontseptsiooni järgi Grossman et al. Siiski on põllumajandusloomade uuringutes küsitletavad nt Woolliams ja Corbin, küsitletavad simulatsioonid katse statistiliste andmete teatud väärtuste tagantjärele tõenäosuste tuletamiseks valiku- ja neutraalsete stsenaariumide puhul ning seega on väljakutse arvutada Bayes'i teguri arvutuslik arv koduloomades.

Samuti täheldame, et mõned kasutatud meetodid peegeldavad sarnaseid nähtusi, mis on põhjustatud valikust, ning eeldatakse, et statistikat ei korreleerita mingil määral ka nullhüpoteesi korral. Seega pakume välja uue statistika, mida nimetatakse mitme signaali korrelatsiooniks DCMSet kombineerida mitut statistikat, arvestades vastavat korrelatsiooni. Sellest tulenevalt arvutatakse asendis l "mitme signaali korrelatsioonivaba komposiit" sellisena nagu kus r on genoomi laia korrelatsioonikoefitsient i ja th kasutatud meetodi testistatistika vahel.

Üldiselt eeldasime, et simuleeritud stsenaariumid sobituvad võimalikult reaalsete stsenaariumitega.

Bakterite replikatsiooni-transkriptsiooni konfliktid - loodus annab ülevaate mikrobioloogiast

Valiku mudelis paigutati valitud alleel vaadeldava fragmendi keskele vt lisateavet. Tabelis 1 on kokku võetud iga simuleeritud populatsiooni erinevad parameetrid. Neutraalset populatsiooni modelleeriti ainult kahe parameetriga: proovi suurus ja markerite kaugus. Mis puudutab populatsiooni võrdlemisi puudutavaid teste, siis kasutati Neu stsenaariume empiirilise jaotuse saamiseks ja Sel stsenaariume käsitleti vaadeldava populatsioonina skaneerimisvaliku allkirja jaoks.

DCMS-i kaalude arvutamiseks on vaja korrelatsioonimaatriksit kõigi elementaarse testistatistika jaoks nullhüpoteesi all. Simulatsioonis arvutati see korrelatsioonimaatriks neutraalse mudeli alusel saadud andmete põhjal.

Täissuuruses tabel Võimalike valiku allkirjade tuvastamine simulatsiooniandmetes Kaheksa elementaarse testistatistika empiirilise jaotuse ja uudse kombineeritud statistika saamiseks viidi iga meetodi puhul läbi tuhande arvutus, mille puhul eeldati vastavate populatsioonide puhul neutraalset väärtust ja iga katse statistilise väärtuse maksimaalne täheldatud väärtus igas jooksus.

Kaheksa elementaarse testistatistika ja uue kombineeritud statistika võimsuse hindamiseks simuleeriti kaalutud valiku stsenaariumis tuhat kordust. Eeldati, et tuvastati allkirja, kui vähemalt üks SNP kb akna ulatuses valitud lookuse ümber ületas empiirilise olulisuse läve. See akna suurus määrati simuleeritud andmestikus täiendav joonis S1 olevate sidemete tasakaalustamatuse ulatusest. Avastatud allkirjade protsent kõigi replikatsioonide hulgas on esitatud empiirilise jõuna.

FPR-i kontrolli visualiseerimiseks valiti pool neutraalsetest replikatsioonidest, et tuletada empiiriline jaotus, nagu kirjeldatud ülalpool, ja ülejäänud replikatsioone kasutati FPR arvutamiseks vastavalt võimsuse arvutamise protsessile. Lisaks kasutati valitud lookuse ümber kb aknast väljaspool asuvaid allkirju ka FPR-i kontrolli hindamiseks ja valiti stsenaariumi mõlemal küljel paiknev juhuslik kb aken, et skaneerida igas korduses ootamatuid valiku allkirju.

Ootamatute allkirjade protsent kõigi replikatsioonide hulgas Valikud transkriptsiooni strateegiad kui FPR valiku stsenaariumiks.

Inimeste HapMap andmete analüüs Lisaks simulatsioonitulemustele uurisime inimese lähenemise erinevate võimaluste potentsiaali laktaasi ensüümi LCT tuntud lookuses, mis Valikud transkriptsiooni strateegiad kromosoomi78—, 83 Mb juures. Me uurisime kõiki statistilisi andmeid sarnase viimisstrateegiaga nagu simulatsiooniandmetes. Populatsioonianalüüsis valiti võrdlusgrupiks ASW populatsioon.

Valikud transkriptsiooni strateegiad tuletasime iga testi P- väärtuse normaalsest jaotusest pärast normaliseerimist. Vastavalt sellele arvutati DCMS mittekattuvatel libisevatel akendel 50 kb üle kogu kromosoomi, nagu ülalpool kirjeldatud.

Kana andmete analüüs Lisaks DCMSi kontrollimisele inimese HapMap andmetel kasutasime uut kombineerimisstrateegiat, et skaneerida kana genoomis valiku allkirju kanaliigist, mis erineb nahavärvist. Affymetrix kana k genotüüpe Axiom-SNP-massiivi kasutati kokku kanaliha seitsmest erinevast tõust, mis koosnes 87 isikust Araucana, Italiener, Zwerg-Cochin ja Shamo kollase nahavärviga ja 52 isikuga Gallus Gallus Spadiceus, Rheinländer ja Vorwerkhühner valge nahavärviga.

Analüüsis käsitleti kollast nahapopulatsiooni täheldatud populatsioonina ja valget raviti võrdluspopulatsioonina. See uuring viidi läbi rangelt kooskõlas Saksamaa loomade heaolu eeskirjadega. Vereprotokolli kiitis heaks loomade heaolu komitee Friedriech-Loeffler-Institut'i põllumajandusloomade geneetika instituudis. Alam-Saksimaa ametiasutustele teatati ka vereproovidest vastavalt Saksamaa loomade heaolu seaduse 1 8a lõikele 1.

Vereanalüüsid registreeriti Alam-Saksi tarbijakaitse- ja toiduohutuse büroos registreerimisnumber Lõplik andmestik koosnes SNP-st 28 kromosoomis, kusjuures keskmine markerite vahe oli 2, 44 kb. Me arvutasime kõik kaheksa statistikat ja DCMS-i, et uurida uudse kombineerimisstrateegia võimet valida kana genoomis valiku allkirju, nagu eespool kirjeldatud. Kanaliha funktsionaalne märkus Avastatud valiku allkirjade põhjal kanali andmete analüüsil viidi läbi täiendavad bioinformaatika analüüsid, et näidata potentsiaalselt valitud piirkondades paiknevate geenide võimalikku bioloogilist funktsiooni.

Lisaks viidi läbi rikastusanalüüs, mis sisaldas rakulist komponenti, molekulaarset funktsiooni, bioloogilist protsessi ja KEGG rada, geenide loendi jaoks, mis paiknesid oletatavalt valitud piirkondades, kasutades DAVID 6.

Tulemused ja arutlus Simulatsioonistsenaariumid Joonisel fig 1 on kokku võetud rakendatud valikulise allkirjastatistika võimsus koos uudsete kombineerimisstrateegiatega erinevates stsenaariumides, mis varieeruvad i markeritevahelise kauguse korral; ii valitud alleeli sagedus; iii valimi suurus; iv valiku koefitsient. Arvestades kõigepealt diferentseeritud valiku stsenaariumi kaheksa elementaarse valiku allkirjastatistikaga saadud tulemusi, leiame, et võrdlusstsenaariumi võimu kohta peetav statistika on selgelt eraldatud.

Lisaks võib valiku stsenaariumi FPR ka selles uuringus kajastada FPR-i kontrolli, kuigi valitud lookus võib mõjutada Leo muub binaarseid voimalusi kummaski otsas paiknevaid neutraalseid lookusi selektiivse stsenaariumi seostumise tasakaalustamatuse tõttu täiendav joonis S3. Kaheksa erineva valiku allkirja katse statistika ja uue kombineerimisstrateegia võimsus nelja erineva parameetri muutmisel: a Markeri intervallide kaugus; b valitud alleeli sagedus; c valimi suurus; d valiku koefitsient.

Valitud stsenaariume simulatsiooniandmetes käsitleti vaadeldava populatsioonina kõigis meetodites ning neutraalset või valikuta stsenaariumi käsitleti võrdluspopulatsioonina populatsioonide vahel.

Täissuuruses pilt Joonisel 1a on näidatud, et kõigi meetodite võimsus suurenes markerintervallide vähenemisega. Need tulemused viitavad sellele, et SNP-de tihedam paneel, nagu seda hinnatakse uuesti sekveneerimisandmete abil, on valikuliste allkirjade tuvastamiseks hädavajalik.

Tuleb märkida, et Tajima D ja F ST võimsus on lähedane kolme ülemise meetodiga, millel on kõige kõrgem täheldatud tihedus joonis 1a.

Mõnedes põllumajandusloomade andmetes Qanbari ja Simianer esitatud esimese genoomiga hõlmatud selektsiooniuuringute tulemuste madal reprodutseeritavus, mis põhineb keskmise tihedusega SNP massiividel ~ 50 k SNPvõib olla tingitud siin näidatud võimupuudusest.

Peeter Ernits: Riigi arengustrateegia ˮEesti 2035ˮ – ilusad loosungid. Noh, kes selle vastu oleks?

See tulemus näitas, et me saame tuvastada valiku allkirja kõrge markerintervalliga, kuid tõsisema FPR tekitamise arvelt. Tulemused on üldiselt kooskõlas Sabeti et al. Lisaks näitavad meie tulemused, et enamik kasutatud meetodeid, nagu Tajima D ja CLR, on fikseeritud valiku allkirjade tuvastamisel kõige tundlikumad joonis 1b. Seevastu teiste statistiliste andmete täitmine ei saa kasu suurenenud valimi suurusest vähemalt vaadeldavas ja üsna piiratud vahemikus. Tuleb märkida, et tänapäeval on paljudes põllumajandusloomade taotlustes saadaval palju suuremad proovid tuhandeid sugurakke Utsunomiya et al.

Siinkohal käsitletud valimi suuruste hulk peegeldab aga üldjuhul põllumajandusloomadel läbiviidud genoomide resekventseerimise uuringutes tavaliselt kättesaadavate andmete hulka, mis annab kõige informatiivsema markeritiheduse vt joonis 1a.